当地时间1月3日，日本国土交通省公布了东京羽田机场飞机相撞事故发生前，机场空管部门与日航客机及海上保安厅飞机的通话记录。
记录显示，空管部门当时已向日航客机发出了降落许可。另一方面，在当地时间2日17时45分，空管部门对海上保安厅飞机称，“请在地面上滑行至跑道等待位置”，尚未允许海上保安厅飞机进入跑道。
日本撞机事故黑匣子被找到 东京警视厅针对业务过失致人伤亡罪展开调查
日本东京羽田机场撞机事故有新进展，日本运输安全委员会今早派出六人小组进行调查，目前海上保安厅飞机的黑匣子已被找到，将带回运输安全委员会进行调查，日航客机黑匣子仍未找到，接下来还要寻找日航飞行记录仪器。
另一关注焦点是，管制方、海上保安厅和日航三方关于事故原因的说辞不一。日本国土交通省此前初步调查指出，管制塔向日航516客机发出了降落命令，516在确认后降落，同时向海上保安厅发出指令在C5跑道边上待命，飞机却进入跑道，所以发生了飞机在跑道上相撞的事故。但此前海上保安厅相关人士透露，这位失事飞机的幸存机长在事后汇报时说，他确实获得了管制塔让他起飞的命令，多方说辞相互矛盾。
目前，东京警视厅已进入调查，勘查工作一直进行到下午，不光是现场勘查，还要对日航、管制人员和海上保安厅进行调查。
中方对日本航空公司事故死难者表示哀悼 外交部：目前没有中国公民受伤
1月3日，外交部发言人汪文斌主持例行记者会。路透社记者提问称，关于昨天日本航空公司发生事故的情况，中国是否向日方提供了援助？或者日本是否提出了这方面的援助请求？
汪文斌说，我们对事故的死难者表示哀悼，对伤者表示慰问。据了解，目前日方并没有提出相关的援助请求。事发之后，中国驻日本使馆第一时间向当地政府主管部门和航空公司核实情况。据了解，目前没有中国公民受伤，涉事客机上有14名香港游客，驻日使馆已经与其取得联系，正在为部分丢失证件的游客补办旅行证件，我们将继续密切关注事故的进展，及时为中国公民提供协助。
因事故日本航空和全日空取消大批航班
日本航空公司3日宣布，将取消在羽田机场起降的44个国内航班，其中主要是上午的航班。
此外，全日空航空公司宣布将取消共计54个航班，其中包括在羽田机场起降的49个航班以及在其他机场起降的5个航班。另外，该公司的一个国际航班也计划取消。
日本航空和全日空航空的大约19000名乘客预计将受到影响。
两家航空公司均表示，今后可能会有更多的航班被取消，并敦促乘客通过网页等确认最新的航班运行情况。
另一方面，由于事故的影响导致众多航班被取消，有可能出现铁路列车乘客拥挤的情况，因此JR东海公司决定3日在东海道新干线上运行下行的临时列车。据悉，4班临时列车都是从东京站开往新大阪站的下行列车，普通车厢均为自由席。
受撞机影响东京羽田机场大量旅客滞留
1月3日，旅客们挤满了东京羽田机场2号航站楼的值机区。2日晚，日航客机在东京羽田机场降落后与海上保安厅固定翼飞机相撞。由于飞机相撞，导致一条主要跑道被关闭，航班延误情况变得严重。
日本航空在客机碰撞事故后提供免费改签和退票服务
1月3日，日本航空声明称，对于羽田机场飞机相撞事故给乘客及其家人以及所有受影响的人造成的痛苦和不便表示歉意，考虑到事故影响，日本航空对已预订航班的旅客提供免费改签或退票服务，旅客需在1月31日前提交申请。
受羽田机场事故影响，达美航空、美联航发布旅行豁免
受羽田机场事故影响，达美航空、美联航发布旅行豁免，在1月4日之前从或前往东京机场的旅客，如果乘坐的是美联航可免费改签至1月9日之前出发的航班，乘坐达美航空可免费改签至1月7日之前出发的航班。