为进一步助力复工复产大通道，满足旅客的出行需要，自5月18日起，吉祥航空将陆续恢复上海至贵阳、沈阳、海口、三明、呼和浩特、乌鲁木齐6条航线。同时，面向各地政府、企业及高校推出“吉刻飞”定制包机业务。
5月16日，吉祥航空恢复了上海浦东-福建龙岩往返航班。这是上海全域静态管理以来，吉祥航空恢复的首个上海始发国内定期客运航班。此外，吉祥航空已于5月初起陆续执行了数班上海始发的包机与临时客运航班，为各企事业团体、学生团体的交通运输出行提供保障。
吉祥航空称，将在飞行中使用最大通气量，同时增加对飞机的消毒频次，优化机上服务流程，最大限度减少疫情传播的可能性。目前，吉祥航空客机都采用了客舱空气循环系统，配备高效微粒过滤器，能够阻挡99.97%的细菌和病毒颗粒通过。在飞机空调系统的作用下，客舱空气每2到3分钟置换一次，每小时置换20-30次。