1月12日和13日，民航局再次向多个中外航班发出熔断指令。
根据通报，1月5日入境的南航CZ344（墨尔本至广州）确诊新冠肺炎旅客6例；鉴于CZ343/344（墨尔本至广州）航班为CZ325/326（悉尼至广州）航班的奖励航班，自1月24日起暂停CZ326航班运行2班，取消奖励航班CZ343/344。1月5日入境的东航MU220（法兰克福至上海）确诊新冠肺炎旅客7例；自1月24日起，暂停该航班运行2班。1月7日入境的南航CZ348（巴黎至广州）确诊新冠肺炎旅客11例；自2月14日起，继续暂停该航班运行4班。1月8日入境的南航CZ312（多伦多至广州）确诊新冠肺炎旅客10例；1月10日入境的东航MU570（巴黎至上海）确诊新冠肺炎旅客10例。自2月7日起，继续暂停上述两航班运行4班。熔断的航班量均不得用于其他航线。
外航方面，1月4日入境的美国航空AA127航班（达拉斯至上海）确诊新冠肺炎旅客7例；德国汉莎航空公司LH728航班（法兰克福至上海）确诊新冠肺炎旅客8例。自1月24日起，暂停上述两航班（均为周二入境）运行2班。1月5日入境的加拿大航空公司AC025航班（温哥华至上海）确诊新冠肺炎旅客5例；自2月14日起，继续暂停该航班AC025（周三入境）运行2班。1月5日入境的美国达美航空公司DL283航班（底特律至上海）确诊新冠肺炎旅客9例；自1月24日起，暂停该航班DL283（周三入境）运行2班。1月5日入境的埃及航空公司MS953航班（开罗至杭州）确诊新冠肺炎旅客5例；自1月31日起，继续暂停该航班运行2班。1月7日入境的意大利勒奥斯航空公司NO946航班（米兰至天津）确诊新冠肺炎旅客13例；自2月7日起，继续暂停该航班运行4班。熔断的航班量均不得用于其他航线。
民航局要求，各个航空公司要在当地使领馆指导下，做好后续航班旅客安抚和机票退改等服务工作。