2020年10月25日至2020年3月27日期间，厦门高崎国际机场全面执行2020-2021年冬春航季计划。根据民航预先飞行计划统计，2020年冬春航季厦门高崎国际机场每周计划执行3954架次，日均565架次，同比2019年冬春季计划(日均576架次)，下降1.91%；环比2020夏秋季计划(日均545架次)，增长3.67%。国内航班日均524架次，同比增长7.27%，环比增长4.30%，国际/地区航班日均41架次，同比下降53.09%，环比下降4.65%。
本航季共计开通158条航线，国内145条（其中地区6条）、国际13条。一、国际航线：受国外疫情影响，根据联防联控机制要求，国际客运航班较上航季无明显，预先飞行计划将通过业务电报形式发布；航线包括（北美洲:厦门?温哥华、洛杉矶；欧洲:厦门?阿姆斯特丹；大洋洲:厦门?悉尼、新加坡、吉隆坡；东南亚：厦门?金边、马尼拉、曼谷；东亚:厦门?首尔、东京成田）；二、国内航线：新增唐山、潍坊、宜昌、东营航线，取消稻城、康定、格萨尔航线，加密上海、重庆、南京等航线，续飞泸州、西昌、衡阳、张家界、忻州、临沂等航线。
2020冬春航季，厦门高崎国际机场早高峰时段起始时间有所推迟，晚班进港高峰时刻延长。00:00-09:00时段，单位小时架次较上航季有所下降，其余时段单位小时架次较上航季均增加；新增基地航司东航预计停场数量达8架次、福州航空预计新增停场2架次。
最后，元翔厦门国际航空港温馨提醒广大旅客：换季后，各航空公司已对航班计划进行了调整，请广大旅客提前关注航班信息并妥善安排出行计划。具体信息可与所乘航空公司联系咨询，或者拨打24小时服务热线0592-96363和机场官方网站www.xiamenairport.com.cn查询了解。