截至16日23:45，17日首都机场出港航班已取消（含可能取消）163架次，取消率41.48%；大兴机场出港航班已取消76架次（含可能取消），取消率39.79%。数据显示，北京相关主要航线航班量均呈下滑态势，其中京沪线的降幅最为显著，6月15日京沪线往返航班量较前一日减少43.37%，与上周一（6月8日）相比环比减少近五成。京沪线6月15日整体往返航班量为47架。以京沪线按细分航线看，影响最大是首都机场-上海虹桥，6月15日该航线往返航班量29架，较前一日环比减少52.46%。
6月16日晚间，中国国际航空、南方航空已对部分北京相关航班免收退票手续费。
中国国际航空相关客服人员表示，旅行日期在6月16日（含16日）——6月30日（含30日）之间，在航班起飞前提出退票的，可免收退票手续费。如果在航班起飞后，提出申请，则扣除相应的费用。
南方航空相关客服人员则表示，6月14日前从南方航空官网购买的从北京出发，行程在6月14日至6月30日之间的，可申请北京航线特殊处理，可申请自愿退票，不收手续费。
截至6月16日22:30，除了国航、南航之外，东方航空、海南航空、首都航空等均未有退改政策的变化。
海航客服表示，目前没收到疫情退票通知，仍按自愿退票处理，根据买票时的折扣、退票时间，相应的退改费也不同。