面对突如其来的新冠肺炎疫情，为有效防控疫情传播，大量旅客的春节出行计划被临时取消。面临市场需求骤然下降，包括中国航协会员在内的各航空运输企业主动担当、积极应对，及时调整运力安排，调配合适机型，严格落实民航局下发的旅客免费退改票政策。自1月24日0时起，各航空公司及其客票销售代理机构为受到疫情影响的旅客免费办理其自愿退票，不收取任何费用。截至3月2日，国内外航空公司共办理退票2454.5万张（其中港澳台及国外航空公司147.8万张），票面总金额271亿元（其中港澳台及国外航空公司28.5亿元）。其中，办理涉及武汉进出港的退票61.8万张（其中港澳台及国外航空公司6.6万张），涉及票面总金额5.5亿元（其中港澳台及国外航空公司6413万元）。疫情期间国内航空公司免收退票费已达数十亿元。
疫情发生后，国内航空公司坚决贯彻落实习近平总书记关于新型冠状病毒感染肺炎疫情防控工作的重要指示精神和党中央、国务院重大决策部署，迅速采取坚决有力行动，全力做好疫情防控工作，第一时间响应、第一时间行动，做好派机运送特殊人员、特殊器械、特殊医疗用品工作。截至3月2日，民航系统共保障涉及疫情防控航班20498个，运送防控物资2903908件，累计27738.45吨。其中，向湖北地区601个航班，运送防控物资762202件，累计7767.91吨。全国共有139家通用航空企业使用911架航空器飞行306次，执行医疗物资转运、医务人员运送、空中消毒喷撒、空中巡查、电力巡检等任务。
与此同时，疫情的发展也给包括中国航空运输企业在内的民航行业带来了巨大冲击。2020年春节以来，中国民航旅客运输量同比下降超70%，航班整体执飞率仅为45%，预计对2020年全年旅客运输将造成重大影响。
当前，针对企业的陆续复工复产，各航空运输企业在承受巨大市场运营压力的情况下，确保国内航空运输畅通，继续保证防疫人员物资运输，同时纷纷开通定制包机业务，助力企业安全返工。各航空公司坚持将人民的健康安全放在首位，持续加强疫情科学防控工作，继续做好机上通风、消毒、体温检测、乘客分散乘坐等措施，减少机上传播风险。