2月8日至9日，民航局紧急组织协调47架包机紧急运输医疗队，运输全国各地近6200名医护人员和部分医疗物资驰援武汉。这是疫情发生以来，民航执行运送医疗队任务规模最大的一次。
按照新型冠状病毒感染的肺炎疫情联防联控工作机制统一部署，上海、天津、辽宁、河北、河南、山东、山西、广东、江苏、浙江、福建、四川、陕西13省（区、市）共向武汉增派34支医疗队。此次包机任务由东航、南航、厦航、川航、山航、天津航、长龙航、河北航、圆通航9家国内航司执行。其中，东航在2月9日一天内执行15架次包机任务，运送了上海、山东、山西、江苏、浙江5省（区、市）13支医疗队，共计医疗人员2100余名；南航在2月8日、9日两天内执行了13架次包机任务，运送辽宁、广东、河南3省10支医疗队，共计医疗人员1800余名。值得一提的是，为最大限度满足医疗人员的随行医疗物资运输需求，圆通航首次加入到运输医疗队的任务当中；厦航也专门安排一架包机，负责运输厦门医疗队的随行医疗物资。
截至目前，共有15家国内航司执行了医疗队运输任务119架次，运输人员近15700名，随行行李和物资500余吨。