1月21日深夜，交通运输部部长李小鹏主持召开部务会，研究部署新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控涉及交通运输的有关工作等。会议决定启动交通运输部Ⅱ级应急响应，配合卫生健康等部门开展疫情联防联控工作。
交通部有关人士表示，当前正值春运期间，大量旅客通过交通运输工具大范围大面积流动，疫情防控工作尤其困难复杂。对此，会议提出五点要求。
一要密切关注疫情发展变化，在突发公共卫生事件多部门协调机制下继续同卫健委等保持沟通联系，在春运的关键时刻咬紧牙关迎难而上，加强值守，配合做好有关工作。
二要加强防控工作指导，督促各级交通运输部门配合卫生健康部门，落实车站、码头等重点场所和汽车、船舶等密闭交通运输工具的通风、消毒、测体温等必要措施。在联防联控工作机制下，配合卫生健康部门在交通枢纽客运场站提供场地设置旅客体温监测设施。配合农业农村、市场监管等部门，做好活禽运输的查验和禁运工作。
三要做好行业内的各项防范工作，加强春运一线交通运输人员安全防范。
四要统筹解决好火车、汽车、飞机、轮船等交通出行方式票务退改签问题。
五要加强应急运力储备，确保疫情防控人员以及防治药品、器械等运送及时、准确到位。