关于11日东航飞机在虹桥机场发现飞行冲突的报道，东航发布声明表示：2016年10月11日12时03分，在虹桥机场运行过程中，机组按空管指令飞行，发现飞行冲突，及时机动处置，此情况已报民航有关部门调查。
10月11日，东航A320/B-2337号机执行MU5643(上海虹桥-天津)航班，飞机于11：54(北京时间)滑出，12：03(北京时间)塔台指挥飞机进跑道36L ，机组在执行完起飞前检查单之后进跑道，12：04(北京时间)塔台指挥：跑道36L ，可以起飞。机组在确认跑道无障碍的情况下，执行起飞动作，在速度110节左右，机长发现一架A330(经调查，该飞机是东航MU5106航班)准备横穿36L跑道，立即让中间座询问塔台，此时机长观察并确认该A330在穿越跑道，此时飞机速度130节，机长短暂判断后决定起飞，于是TOGA，带杆起飞，飞机从A330上空飞越，监控飞机状态正常，并将情况汇报塔台，后续飞行正常。飞机CVR和FDR已经拆下进行译码。