据外媒报道，埃航客机失事原因仍未有定论，法国电视台M6前日引述消息指，客机坠毁前，主机师舒凯尔曾与开罗航空管制员进行数分钟通话，提及机舱冒烟，要求把飞机急降，令机舱减压，从而清除浓烟。
此外，电视台还形容，有关要求等同“求救讯号”，但埃航否认报道。
希腊国防部长卡门诺斯早前曾指，客机失踪前一刻，曾向左转90度，再向右转360度，飞行高度亦从3.7万尺突然急降至1.5万尺。
另外，两名土耳其航空机师声称，埃航客机失事前一小时，他们驾驶飞机由土耳其城市博德鲁姆飞往伊斯坦布尔期间，于高空看到一个不明飞行物体，并且有绿色光线穿越他们驾驶的飞机。
据悉，目前这一说法未经证实，但已令埃航客机失事原因再添新谜团，早前更有埃及媒体指，客机于以色列空军举行军演期间坠毁。